ABI3100解析サービスの種類

  • シーケンス反応まで行った試料をお預かりして解析を行う、解析サービス
  • テンプレートDNAとプライマーの混合物をお預かりして、シーケンス反応、解析を行う反応・解析サービス

予約フォームから予約を入れて、当日サンプルを遺伝子実験施設F101へお持ちください。


■サンプルの提出方法について
  • 原則として 解析サービスは当日9-13時、反応サービスのご利用は当日朝9-10時までに遺伝子実験施設F101へお持ちください。
    前日にご提出される場合は、サービスご利用日時、お名前、連絡先、サンプル名を明記の上F101左奥にありますSANYO製フリーザー(上段)に入れてください。紛失等の責任はこちらでは対応しかねますのでご了承下さい。 なお、遺伝子実験施設解錠時間は9-17時となっております。
  • 学内便・郵便を利用したサンプル提出も可能です。その場合は、予約日前日までに遺伝子実験施設へ届くよう、発送をお願い致します。

  • 予約当日9時以降のキャンセルについて、キャンセル料が発生致します。
    キャンセルや変更は当日朝9時まで予約画面より可能となっておりますのでご利用ください。確実な解析データを迅速に配信するために、皆さまのご理解とご協力をお願い致します。
    <キャンセル料>
    条件:予約当日9時以降のキャンセル 及び当日のサンプル未提出分に対して
    解析サービス  250円
    反応・解析サービス 500円

 

土曜日・日曜日・祝日および施設休業日の予約は受け付けておりません。

 

 

シーケンス解析サービスについて

    現在、シーケンス解析サービスで対応している反応キットは以下の通りです。

     

    ABI社製 BigDye Terminator ver1*, ver3 *
    (Health社製DYEnamic ET Terminator のサポートは終了いたしました。)

    ■サンプルはシークエンス反応終了後の試料を、10~15マイクロリットルのHi-Di Formamide(ABI製、cat.#4311320 推奨)に溶解し、予約当日の午後1時までに、遺伝子実験施設(F館)のF-101室へ持参して下さい。

     

     

    ■シークエンス後のサンプルをお返しすることはできませんので、ご了承願います。ただし、明らかにシークエンスの解析に問題があった場合は、再解析いたします(再解析の費用は頂きません)ので、すぐに連絡下さい。試料は、2,3日程度は室温でも大丈夫なので、再解析用の試料は新たには必要ありません。

     

    費用は、消耗品代として、1サンプルあたり250円(学内)、320円(学外)をご負担いただきますので、よろしくお願い申し上げます。


     

    プレート単位での解析の割引について
     サンプルをプレート単位(96サンプル)で提出して頂く場合に、1プレートあたりの料金を14400円(60 %)で解析いたします。
    サンプル数には関係無く1プレート単位での割引です。
    また、プレート割引の適用を希望される方は、Web予約システムを使用せず、
    kyoudouriyou@gene.nagoya-u.ac.jp まで メールでご連絡ください。
    その際には、 メールの本文に
     申請者氏名:
     研究室ID:
     連絡先(内線):
    の項目を記載し、サンプルシート(日本語:seq_excel.xltx、英語:seq_excel_e.xltx)を添付して申請願います。

     

     

シーケンス反応・解析サービスについて (NEW!)

    こちらはシーケンス反応から始めるサービスです。

     

    ■ご準備いただくテンプレート+プライマーの量

     

    テンプレートDNAの量

    テンプレート 使用量
    PCR産物 5-100ng
    plasmid 100-500ng


    プライマーの量: 5 pmol

    テンプレートは必ず精製したDNAをご用意下さい。

    精製の程度(RNAの混入や残存dNTP等)により、結果が不十分な場合も出てきます。
    本サービスは、すべてを保証するものでは無いことをあらかじめご了承願います。
    反応には、必ず標準試料(Standard)を同時に処理しますので、反応自身に問題が生じれば分かるようにしています。

     

    ■精製したテンプレートDNAとプライマーを混合し、全量を10マイクロリットル(容器は、0.1-1.5mlのどのようなチューブ、あるいはプレートでもかまいません)にして、

    予約当日の午前10時(時間厳守;遅れると結果は翌々日になります)までに、遺伝子実験施設(F館)のF101室へご提出願います。


    費用は、消耗品代として、1サンプルあたり500円(学内)、640円(学外)をご負担いただきますので、よろしくお願い申し上げます。

     


シークエンス波形解析について



    ABIの波形解析ソフトは、シークエンサーは、保存・解析用のコンピュータにインストールしてありますが、シングルライセンスなので、コピーして使用していただく事はできません。各研究室において、波形解析等を行う場合には、有償、無償の様々なソフトウェアーの入手が可能ですので、各研究室で対応して頂くことをお願いいたします。参考までに、下記に入手先のURLを記載しておきます。

    • 汎用ソフト

      

    Windows ユーザーなら、一押しはSequence Scannerです。 ABIから提供されている純正ソフト(フリーソフト!)です。さすがに純正サポートだけあって、機能解析面では非常に優れています。Bio Edit は、波形解析後の配列処理や分子系統樹作成までがオールインワンに盛り込まれている、多機能なソフトです。FinchTVも簡単ですが、波形を見ながら、シークエンス情報を確認する事はできます。

    Linux (MacOSX)ユーザーなら、導入が少々面倒ですが、Phred-Phrap Consed をお勧めします。波形解析のみならず、自動的なアセンブリー機能も備えた、非常に高性能なソフトウェアーです。大量のシークエンス解析を日常的に行っている人は、導入する価値があります。
    Macユーザーは、FinchTVが簡単ですが、シークエンスの比較修正などができません。ただ、波形を見て配列データを修正するだけであれば、機能面でも非常にシンプルです。Edit Viewは、昔からMacユーザーには愛用されているソフトのようですが、WindowsからのデータをそのままMacに持っていっても、読むことができません。その時は、MacにConversion Program(ABIで手に入ります:http://www.appliedbiosystems.com/support/software/3100/conversion.cfm ) をインストールして、Sample File Win to Mac (中身は、Applescript)を使って、Macで読めるようにしてからEdit Viewに読み込んでください(OS9)。

    今後、遺伝子実験施設シークエンス説明会のおりに、簡単な波形解析の仕方等も説明していきたいと考えております。